En 1.998 renació la sección de piragüismo, cuyos orígenes en C.D. Amaya datan de hace muchos años, pero que llegó incluso a desaparecer con el paso del tiempo debido, entre otras cosas, a los cambio experimentados en el caudal del río, así como a la falta de iniciativas por parte de los aficionados a este deporte.

Para fomentar esta actividad contamos con 10 piraguas de entrenamiento y durante los meses de verano se desarrollan distintas actividades para el aprendizaje de esta modalidad deportiva.

Cada año en el programa de actividades de verano se expone el plan de cursillos para practicar el piragüismo. Quienes obtienen el reconocimiento de aptitud pueden utilizar las piraguas a lo largo del año, previa obtención de la licencia de la Federación Navarra de Piragüismo.